Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme

• Compétence 4 : Maîtriser les techniques de communication
• -Pouvoir communiquer de façon claire, structurée et argumentée, tant à l'oral qu'à l'écrit, ses conclusions, ses propositions originales ainsi que les connaissances et principes sous-jacents, le cas échéant en anglais
• Compétence 5 : Développer et intégrer un fort degré d'autonomie
• -Poursuivre sa formation et développer de nouvelles compétences de façon autonome

Acquis d'apprentissage de l'UE

Le cours vise à initier les étudiants à la bioinformatique afin qu'ils puissent comprendre les notions de bases du domaine ainsi que les différentes méthodes abordées dans les publications scientifiques. En parallèle, les sessions pratiques permettront d'envisager concrètement des analyses bioinformatiques liées aux recherches et annotations de séquences, à l'expression différentielle à partir de données transcriptomiques ou à la visualisation de données génomiques sur un GenomeBrowser.

Contenu de l'UE : descriptif et cohérence pédagogique

Cours théoriques (50%)
- Introduction générale : Réalité mathématique VS réalité biologique
- Séquences biologiques, Bases de données...
- Alignements de séquences
- Comment "interroger" les banques de données publiques
- Méthodes de séquençages de nouvelle(s) génération(s) (NGS)
- Transcriptome & Génome
- Applications pratiques & Questionnements du biologiste

Sessions pratiques & exercices (50%)
- Recherche de séquences, notion d'homologie de séquences, annotations fonctionnelles (Outils en ligne: NCBI, Expasy, plateforme Galaxy,...)
- Analyse de l'expression différentielle à partir de données RNA-Seq & Visualisation des données d'expression (Outils en ligne: plateforme Galaxy, Degust, MetaboAnalyst)
- Visualisation de données génomiques à l'aide d'un Genome Browser (IGV, serveurs en ligne)

Compétences préalables

Notions de biochimie et de biologie moléculaire; manipulation d'un ordinateur personnel et d'Internet.