Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme

• Compétences scientifiques
• Mettre en oeuvre et réaliser en autonomie une démarche expérimentale, valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux, apprécier les limites de validité du modèle, identifier les sources d'erreur.
• En réponse aux situations, et conscient des limites méthodologiques:- Utiliser des techniques courantes de biochimie, de biologie moléculaire, de biologie cellulaire, d'études des tissus et organes (savoir relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques)- Utiliser un dispositif expérimental dans un modèle biologique, connaître et utiliser les concepts et techniques de la physiologie animale
• Utiliser des logiciels d'acquisition et d'analyse de données propres aux sciences biomédicales
• S'approprier les outils d'étude en sciences biomédicales y compris les outils bio-informatiques
• Utiliser les principaux instruments de mesure et identifier les sources d'erreurs
• Choisir adéquatement l'instrument de mesure, analyser et traiter le signal obtenu
• Utiliser les outils mathématiques de base
• Maîtriser les outils statistiques pour les sciences du vivant
• Être un chercheur responsable: - Savoir baser son raisonnement sur les données de la littérature scientifique- Savoir intégrer une dimension éthique dans son raisonnement- Faire preuve de loyauté (aux faits, à l'équipe, à la propriété intellectuelle,...)- Ne pas falsifier les résultats- Ne pas exploiter le travail d'autrui- Faire preuve de rigueur expérimentale

Acquis d'apprentissage de l'UE

L'objectif du cours est de montrer aux étudiants l'intégration des données issues des méthodes d'analyse utilisées en génomique, transcriptomique, protéomique, et métabonomique.  A l'issue de ce cours, les étudiants seront capables de :

- comprendre l'importance d'intégrer les données de plusieurs sciences "omiques" dans l'étude d'un mécanisme biologique complexe
- intégrer et interpréter des données de type 'omique"
- décrire les concepts et méthodes utilisées lors de l'acquisition des données 'omiques'

Contenu de l'UE : descriptif et cohérence pédagogique

1. Partie Métabonomique (Prof. Jean-Marie Colet):

- étapes d'une étude métabonomique
- analyse de biofluides par Résonance Magnétique Nucléaire du proton
- analyse multivariée des spectres

2. Partie Protéomique : (Prof. Rudy Wattiez)

- rappel sur la spectrométrie de masse
- étapes d'une étude protéomique

3. Partie Génomique/Transcriptomique : (Dr Frédérique Coppée)
 
- séquençage à haut débit : NGS et RNA-seq, projet ENCODE et génome humain, epi-génome
- étapes d'une étude transcriptomique
- exemples de format/interfaces web d'analyses classiques de séquences incluant les représentations en ‘heatmap', réseaux ou voies de signalisation (étude de régulation des gènes, signatures biologiques)

4. Bioinformatique : (Prof. O. Sand) (voir description AA Bioinfo)

5. Biostatistiques adaptés aux omiques : (N) (voir description AA Biostats)

6. Analyses intégratives de données variées : (Tous) (voir description AA)

 

Compétences préalables

Connaissances de base de la biologie cellulaire et de la biologie moléculaire
Connaissances de base dans le sméthodes spectroscopiques
Connaissances de base en statistiques

Type(s) et mode(s) d'évaluation Q1 pour l'UE

• Examen écrit - En présentiel
• Exercice(s) coté(s) - En présentiel

Commentaire sur les évaluations Q1 de l'UE

Présentation d'article scientifique

Pour rappel : AA supplémentaires associées à l'UE Biologie intégrée : Bioinformatique et Biostatistique 

Méthode de calcul de la note globale pour l'évaluation Q1 de l'UE

Une note note globale unique calculée au prorata des heures de cours dispensées dans chaque AA
Chaque AA doit être réussie
En cas de moyenne inférieure à 10/20, seule l'AA ou les AAs en échec doivent être représentées

Type(s) et mode(s) d'évaluation rattrapage Q1 (BAB1) pour l'UE

• Néant - Néant

Commentaire sur les évaluations rattrapage Q1 (BAB1) de l'UE

Sans objet

Méthode de calcul de la note globale pour l'évaluation rattrapage Q1 (BAB1) de l'UE

NA

Type(s) et mode(s) d'évaluations Q2 pour l'UE

• Examen oral - En présentiel
• Présentation orale - En présentiel

Commentaire sur les évaluations Q2 de l'UE

idem Q1

Méthode de calcul de la note globale pour l'évaluation Q2 de l'UE

idem Q1

Type(s) et mode(s) d'évaluations Q3 pour l'UE

• Examen écrit - En présentiel
• Examen oral - En présentiel
• Présentation orale - En présentiel
• Exercice(s) coté(s) - En présentiel

Commentaire sur les évaluations Q3 de l'UE

idem Q2

Méthode de calcul de la note globale pour l'évaluation Q3 de l'UE

Idem Q1/Q2