Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme

• Avoir acquis, dans le domaine des sciences biologiques, et particulièrement dans le domaine de la biologie des organismes et de l'écologie, des connaissances hautement spécialisées et intégrées ainsi que de larges compétences, prolongeant celles qui relèvent du niveau de bachelier en sciences biologiques
• Etre capable de mener des travaux de recherche et de développement d'envergure en lien avec les sciences biologiques, en biologie des organismes et en écologie
• -Etre capable d'appliquer, de mobiliser, d'articuler et de valoriser les connaissances et les compétences acquises en vue de contribuer à la conduite et à la réalisation d'un projet
• -Faire preuve d'initiative et être capable de travailler seul et en équipe
• Gérer et mener un travail de recherche, de développement ou d'innovation
• -Etre capable d'appréhender une problématique inédite relevant des sciences biologiques en biologie des organismes et en écologie et de ses applications
• Développer et intégrer un fort degré d'autonomie
• -Poursuivre sa formation et développer de nouvelles compétences de façon autonome
• Avoir acquis, dans le domaine des sciences biologiques, et particulièrement dans le domaine de la biologie des organismes et de l'écologie, des connaissances hautement spécialisées et intégrées ainsi que de larges compétences, prolongeant celles qui relèvent du niveau de bachelier en sciences biologiques
• Etre capable de mener des travaux de recherche et de développement d'envergure en lien avec les sciences biologiques, en biologie des organismes et en écologie
• -Etre capable d'appliquer, de mobiliser, d'articuler et de valoriser les connaissances et les compétences acquises en vue de contribuer à la conduite et à la réalisation d'un projet
• -Faire preuve d'initiative et être capable de travailler seul et en équipe
• Gérer et mener un travail de recherche, de développement ou d'innovation
• -Etre capable d'appréhender une problématique inédite relevant des sciences biologiques en biologie des organismes et en écologie et de ses applications
• Maîtriser les techniques de communication
• -Pouvoir communiquer de façon claire, structurée et argumentée, tant à l'oral qu'à l'écrit, ses conclusions, ses propositions originales ainsi que les connaissances et principes sous-jacents
• Développer et intégrer un fort degré d'autonomie
• -Poursuivre sa formation et développer de nouvelles compétences de façon autonome
• -Développer et intégrer un fort degré d'autonomie pour pouvoir évoluer dans de nouveaux contextes
• Appliquer une méthodologie scientifique
• -Avoir la capacité de mener une réflexion critique sur l'impact de leur discipline en général et, en particulier, lors de la contribution à des projets
• -Faire preuve de rigueur, d'autonomie, de créativité, d'honnêteté intellectuelle, de sens éthique et déontologique

Acquis d'apprentissage de l'UE

Perfectionner les étudiants biologistes en science des données biologiques en les initiant à des notions complémentaires aux cours précédents. Ce cours complète les connaissances en sciences des données vues jusqu'ici par divers thèmes plus avancés: problèmes liés à la précision de calcul des ordinateurs, meilleur encodage des données selon le problème posé, comment effectuer des analyses parfaitement reproductibles, générateur de nombres pseudo-aléatoires reproductibles, écriture de fonctions et d'objets. Ce cours est modulable partiellement en fonction de besoins spécifiques des étudiants.

Contenu de l'UE : descriptif et cohérence pédagogique

Le cours est entièrement disponible en ligne : https://wp.sciviews.org. Les chapitres de cette UE sont (sujet à modification en fonction des besoins spécifique des étudiants partticipant):

- Données particulières: dates, texte, variables circulaires
- Projets: structure, différents types de documents reproductibles
- Modularisation du code: fonctions, documentation
- Optimisation du code: tests, objects, techniques d'optimisation
- Initiation aux packages et à l'intégration continue
- Parallélisation et calcul sur le cloud

Compétences préalables

Connaissances générales en science des données, en particulier, la gestion de projets d'analyse des données, l'importation et le remaniement des données, la visualisation à l'aide de graphiques et les bases de la rédaction de rapports reproductibles. Biostatistiques avancées dans les principaux domaines utilisés en biologie.
Une mise à niveau est possible via les cours 1 à 3 de science des données disponibles en ligne à https://wp.sciviews.org.