Programme d’études 2022-2023 | English | ||
Bioinformatique | |||
Unité d’enseignement du programme de Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire (MONS) (Horaire jour) à la Faculté des Sciences |
Code | Type | Responsable | Coordonnées du service | Enseignant(s) |
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US-M1-SCBBMC-003-M | UE Obligatoire | DELROISSE Jérôme | S864 - Biologie des Organismes Marins et Biomimétisme |
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Langue d’enseignement | Langue d’évaluation | HT(*) | HTPE(*) | HTPS(*) | HR(*) | HD(*) | Crédits | Pondération | Période d’enseignement |
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| Français | 15 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2.00 | 1er quadrimestre |
Code(s) d’AA | Activité(s) d’apprentissage (AA) | HT(*) | HTPE(*) | HTPS(*) | HR(*) | HD(*) | Période d’enseignement | Pondération |
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S-BIOG-143 | Bioinformatique | 15 | 0 | 0 | 0 | 0 | Q1 | 100.00% |
Unité d'enseignement |
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Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme
Acquis d'apprentissage de l'UE
A l'issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure de comprendre les mécanismes simples de résolutions informatiques de problèmes (algorithmes). Ils seront capables de développer des algorithmes simples sur des données issues de la biologie moléculaire (les séquences génétiques). Les étudiants seront en mesure d'expliquer les méthodes d'alignement de séquences et la problématique du séquencage de génomes. Ils pourront évaluer la complexité d'algorithmes simples et expliquer le fait des problèmes aient une complexité intrinsèque qui les rend insolubles en pratiques (NP-complétude).
Ils seront en mesure d'écrire de petits scripts système pour automatiser des tâches de bioinformatique.
Contenu de l'UE : descriptif et cohérence pédagogique
Algorithmique; bioinformatique; banques de séquences; pseudo-langage; variables; complexité d'algorithmes et complexité de problèmes; efficacité; dot-plot; alignements de séquences; matrices de substitution; NP-complétude; assemblage de fragments d'ADN
Compétences préalables
Notions de biochimie et de biologie moléculaire; manipulation d'un ordinateur personnel et d'Internet
Types d'activités
AA | Types d'activités |
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S-BIOG-143 |
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Supports principaux
AA | Supports principaux |
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S-BIOG-143 | Copie de présentation - BioInformatique (Introduction à l'Algorithmique) - Olivier Delgrange |
Supports principaux non reproductibles
AA | Supports principaux non reproductibles |
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S-BIOG-143 | Sans objet |
Supports complémentaires non reproductibles
AA | Support complémentaires non reproductibles |
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S-BIOG-143 | Sans objet |
Autres références conseillées
AA | Autres références conseillées |
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S-BIOG-143 | - Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner, An Introduction to BioInformatics Algorithms, MIT Press, 2004 |
Reports des notes d'AA d'une année à l'autre
AA | Reports des notes d'AA d'une année à l'autre |
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S-BIOG-143 | Autorisé |
Evaluation du quadrimestre 1 (Q1) - commentaire
AA | Commentaire sur l'évaluation Q1 |
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S-BIOG-143 | Examen oral charge d'évaluer la maitrise des concepts (100%) |
Evaluation du quadrimestre 3 (Q3) - commentaire
AA | Commentaire sur l'évaluation Q3 |
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S-BIOG-143 | Examen oral charge d'évaluer la maitrise des concepts (100%) |