Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme

• Acquérir, maitriser et utiliser des savoirs dans les domaines de la biologie et dans d'autres domaines de connaissances.
• Comprendre et employer les outils mathématiques et statistiques de base pour décrire et comprendre les concepts biologiques.
• Intégrer de façon critique des savoirs d'autres domaines de connaissances à la biologie (sciences de la terre, physique, chimie, mathématiques) afin de favoriser une approche interdisciplinaire.
• Résoudre des problèmes à composante biologique.
• Analyser et interpréter, de façon pertinente, des données biologiques collectées in natura, par dissection ou sur base d'un protocole expérimental en laboratoire.
• Appliquer une démarche scientifique et exercer un esprit critique.
• Connaître et appliquer les principes de base du raisonnement (obtention des données, analyse, synthèse, comparaison, règle de trois, syllogisme, analogie, ....).
• Maîtriser les méthodes statistiques et/ou probabilistes.
• Travailler avec efficience/exactitude/précision.
• Savoir poser une hypothèse et un raisonnement hypothético-déductif.
• Développer un esprit critique, savoir tester et contrôler ses conclusions, en connaître le domaine de validité, envisager des hypothèses alternatives.
• Pouvoir gérer le doute et l'incertitude.
• Communiquer efficacement et de manière adaptée en français et en anglais.
• Communiquer oralement et par écrit en français les résultats d'expériences et d'observations en construisant et en utilisant des graphiques et des tableaux.
• Développer son autonomie, se fixer des objectifs de formation et effectuer les choix pour les atteindre.
• Organiser son temps et son travail, tant individuel que collectif.
• Savoir fixer des priorités.
• Savoir gérer son stress et ce quel que soit les évènements (examens, présentations,..).

Acquis d'apprentissage de l'UE

- Maitriser les outils informatiques et statistiques nécessaires aux science des données, en particuliers, l'importation, le remaniement et la transformation des données, la visualisation sous forme de graphiques, et l'inférence.
- Pouvoir présenter clairement et rigoureusement les résultats de ces analyses dans un rapport scientifique de manière reproductible.
- Etre capable d'analyser des données biologiques usuelles en pratique.

Contenu de l'UE : descriptif et cohérence pédagogique

Les chapitres de cette UE sont: 

- Initiation aux logiciels (Logiciels R, RStudio, git & Markdown.)
- Visualisation I, nuage de points et R Markdown
- Visualisation II, histogramme, densité, violon
- Visualisation III, barres, camembert, boxplot, composition et moteurs graphiques
- Traitement des données I, importation, variables, conversion, utilisation de dplyr
- Traitement des données II, cas par variables, contingence, population, échantillonnage, acquisition, chaînage des instructions
- Traitement des données III, utilisation de tidyr et traitement multi-tableaux, initiation aux bases de données
- Design expérimental, révision graphiques, à faire et ne pas faire, compléments logiciels
- Probabilités et distributions
- Test Chi carré, proportions et corrélation
- Intervalle de confiance, test de Student, test de Wilcoxon
- Analyse de variance

Compétences préalables

- Notions de base d'utilisation d'un ordinateur.
- Notions de base en mathématique: artithmétique, y compris logarithme et exponentielle, systèmes de coordonnées cartésiennes et géométrie élémentaire dans le plan et dans un espace à 3 dimensions.
 

Type(s) et mode(s) d'évaluation Q1 pour l'UE

• Examen écrit - En présentiel
• Production (travail écrit, rapport, essai, collection, produit…) à déposer - A distance
• Exercice(s) coté(s) - En présentiel
• Epreuve pratique - En présentiel

Commentaire sur les évaluations Q1 de l'UE

Note globale rassemblant les évaluations suivantes:

- Evaluation de la progression en continu
- Réalisations aux travaux pratiques
- Rapport d'analyse de données coté
- e-test.

En raison de l'évaluation de la progression en continu, la présence aux séances est obligatoire.
 

Méthode de calcul de la note globale pour l'évaluation Q1 de l'UE

Bio-informatique et sciences des données A : 50% de la cote de l'UE

Type(s) et mode(s) d'évaluation rattrapage Q1 (BAB1) pour l'UE

• Néant - Néant

Commentaire sur les évaluations rattrapage Q1 (BAB1) de l'UE

Sans objet

Méthode de calcul de la note globale pour l'évaluation rattrapage Q1 (BAB1) de l'UE

Néant

Type(s) et mode(s) d'évaluations Q2 pour l'UE

• Examen écrit - En présentiel
• Production (travail écrit, rapport, essai, collection, produit…) à déposer - A distance
• Exercice(s) coté(s) - En présentiel
• Epreuve pratique - En présentiel

Commentaire sur les évaluations Q2 de l'UE

Note globale rassemblant les évaluations suivantes:

- Evaluation de la progression en continu
- Réalisations aux travaux pratiques
- Rapport d'analyse de données coté
- e-test.

En raison de l'évaluation de la progression en continu, la présence aux séances est obligatoire.
 

Méthode de calcul de la note globale pour l'évaluation Q2 de l'UE

- Bio-informatique et sciences des données B : 50% de la cote de l'UE

Type(s) et mode(s) d'évaluations Q3 pour l'UE

• Examen écrit - En présentiel
• Production (travail écrit, rapport, essai, collection, produit…) à déposer - A distance
• Exercice(s) coté(s) - En présentiel
• Epreuve pratique - En présentiel

Commentaire sur les évaluations Q3 de l'UE

Note globale rassemblant les évaluations suivantes:

- Evaluation de la progression en continu
- Réalisations aux travaux pratiques
- Rapport d'analyse de données coté
- e-test.

En raison de l'évaluation de la progression en continu, la présence aux séances est obligatoire.

Méthode de calcul de la note globale pour l'évaluation Q3 de l'UE

Bio-informatique et sciences des données A : 50% de la cote de l'UE
Bio-informatique et sciences des données B : 50% de la cote de l'UE