 | Programme d’études 2019-2020 | English | |
 | Algorithmique et bioinformatique | ||
Unité d’enseignement du programme de Master en sciences mathématiques à la Faculté des Sciences |
| Les étudiants sont invités à consulter les fiches ECTS des AA pour prendre connaissance des modalités d’évaluation prévues pour la fin du Q3 |
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| Code | Type | Responsable | Coordonnées du service | Enseignant(s) |
|---|---|---|---|---|
| US-M1-SCMATH-012-M | UE optionnelle | DELGRANGE Olivier | S829 - Informatique théorique |
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| Langue d’enseignement | Langue d’évaluation | HT(*) | HTPE(*) | HTPS(*) | HR(*) | HD(*) | Crédits | Pondération | Période d’enseignement |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Français | 15 | 0 | 30 | 0 | 0 | 6 | 6.00 | 1er quadrimestre |
| Code(s) d’AA | Activité(s) d’apprentissage (AA) | HT(*) | HTPE(*) | HTPS(*) | HR(*) | HD(*) | Période d’enseignement | Pondération |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S-INFO-022 | Algorithmique et bioinformatique | 15 | 0 | 30 | 0 | 0 | Q1 | 100.00% |
| Unité d'enseignement |
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Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme
- Posséder des connaissances mathématiques intégrées et pointues
- -Pouvoir mobiliser les mathématiques de bachelier pour traiter de questions complexes et posséder une expertise profonde de celles-ci, prolongeant celle développée en bachelier.
- Être capable de réaliser des projets d'envergure
- -Avoir l'autonomie nécessaire pour mener à bien un projet d'envergure lié aux mathématiques ou à leurs applications. Ceci implique de pouvoir prendre en compte la complexité du projet, ses objectifs et les ressources disponibles pour le réaliser.
- -Porter une critique constructive sur la qualité et l'état d'avancement d'un projet.
- -Être capable de travailler en équipe et en particulier de communiquer efficacement et dans le respect des autres.
- -Pouvoir présenter oralement et par écrit les objectifs et les résultats d'un projet.
- Être capable d'innovation pour résoudre une problématique inédite en mathématiques ou dans leurs applications
- -Pouvoir faire usage de l'outil informatique de manière appropriée, au besoin en développant un petit programme.
Acquis d'apprentissage UE
A l'issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure de d'expliquer les besoins de développement d'algorithmes et de structures de données performants dans le contexte de données très volumineuses telles que les séquences génétiques. Les étudiants seront en mesure d'expliquer les algorithmes classiques de bioinformatique et de string-matching. Ils seront capables de mettre en &oeuvre des algorithmes de manipulation efficaces de séquences génétiques.
Contenu de l'UE
Algorithmique; complexité d'algorithmes; chaînes de caractères; string-matching; alignements de séquences génétiques; arbres des suffixes; séquençage d'ADN et assemblage de fragments
Compétences préalables
algorithmique; complexité d'algorithmes; programmation dans un langage impératif ou objet
Types d'évaluations Q1 pour l'UE
- Examen oral
- Epreuve pratique
Commentaire sur les évaluations Q1 de l'UE
Examen oral sur la partie théorique (50%) et présentation du projet développé en groupe pour la partie pratique (50%)
Types d'évaluation Q3 pour l'UE
- Examen oral
- Epreuves pratiques
Commentaire sur les évaluations Q3 de l'UE
Calcul de la NOTE (/20) : Examen oral sur la partie théorique, la note NT est /20. Présentation et rapport écrit du projet (amélioré) développé en groupe pour la partie pratique, la note NP est /20. Si NT>=8/20 et NP>=8/20, alors NOTE=(NP+NT)/2
Sinon NOTE=min(NP,NT)
Types d'évaluation rattrapage BAB1 (Q1) pour l'UE
- Néant
Commentaire sur les évaluations rattr. Q1 de l'UE
Sans objet
Types d'activités
| AA | Types d'activités |
|---|---|
| S-INFO-022 |
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Mode d'enseignement
| AA | Mode d'enseignement |
|---|---|
| S-INFO-022 |
|
Supports principaux
| AA | Supports principaux |
|---|---|
| S-INFO-022 | Note de cours - Algorithmique et Bioinformatigue : String Matching - Olivier Delgrange |
Supports principaux non reproductibles
| AA | Supports principaux non reproductibles |
|---|---|
| S-INFO-022 | Sans objet |
Supports complémentaires
| AA | Supports complémentaires |
|---|---|
| S-INFO-022 | Note de cours - Complément - Recherche de motifs et ressemblances entre séquences : algorithmes et structures de données - Olivier Delgrange |
Supports complémentaires non reproductibles
| AA | Support complémentaires non reproductibles |
|---|---|
| S-INFO-022 | Sans objet |
Autres références conseillées
| AA | Autres références conseillées |
|---|---|
| S-INFO-022 | - Introduction to Computational Molecular Biology J. Setubal, J. Meidanis PWS Publishing Company, 1997 - Algorithmic Aspects of Bioinformatics HJ Böckenhauer - D. Bongartz Springer, 2007 |
Reports des notes d'AA d'une année à l'autre
| AA | Reports des notes d'AA d'une année à l'autre |
|---|---|
| S-INFO-022 | Autorisé |